16. yüzyıl İspanyası'nda, kurnaz ve sevimli iki dolandırıcı olan Miguel ve Tulio, şans eseri bir zar oyununda El Dorado'nun, yani efsanevi Altın Şehir'in haritasını ele geçirirler. Birçok İspanyol denizcinin hayallerini süsleyen bu kayıp şehre ulaşma fikri, ikilinin aklını başından alır.
Hemen bir gemiye kaçak olarak binen Miguel ve Tulio, heyecanlı ve tehlikeli bir deniz yolculuğuna atılırlar. Ancak yolculukları pek de planladıkları gibi gitmez ve kendilerini Yeni Dünya'nın Meksika kıyılarında, Hernán Cortés'in acımasız ordusunun tam ortasında bulurlar.
Şanslarının yaver gitmesiyle Cortés'in elinden kurtulmayı başaran ikili, sevimli ve zeki bir at olan Altivo ile birlikte haritanın izini sürmeye başlarlar. Uzun ve zorlu bir yolculuğun ardından, gizli bir geçitten geçerek El Dorado'nun muhteşem ve altınla kaplı şehrine ulaşmayı başarırlar.
Burada yaşayan Mayalar tarafından tanrı olarak karşılanan Miguel ve Tulio, bu yeni rollerine hızla adapte olurlar. Bedava yemek, saygı ve bolca altın, hayallerinin de ötesindedir. Ancak El Dorado'nun bilge ve güzel rahibesi Chel, ikilinin gerçek kimliklerinden şüphelenmeye başlar.
Miguel, bu yeni hayatın ve özellikle Chel'in cazibesine kapılırken, Tulio ise bir an önce altınları toplayıp İspanya'ya dönmenin hayalini kurmaktadır. Ancak İspanyolların da El Dorado'nun peşinde olduğunu öğrenmeleriyle işler karışır.